国際ダイヤモンド輸出機構
最初に登場した悪の組織。世界中のダイヤモンド市場を一手に握り、ダイヤモンドの販売網を独占していた。失敗者の処分方法やナンバーで呼び合う設定、「ナンバー1」と呼ばれるトップが猫を膝に抱く姿など007シリーズの「スペクター」を彷彿とさせる。
パタリロが即位して最初に行った事がこの組織からの脱退だった（業界団体であった事から止むを得ず加盟していたが、機関運営の不透明ぶりに嫌気が差した）。市場の独占を図りたい機構は幾人もの刺客をパタリロに送り込んだが、バンコランの活躍で失敗に終わっている。マライヒやバットもかつては機構に所属する暗殺者だった。
バンコランと手を結んだマライヒの証言により解体された。
タランテラ
ナチスの狂気の科学者ハインリッヒ・シュゲルグを首魁とするテロ組織。
スターダスト計画で地球上の大都市を破壊すると各国を脅迫したり、透明薬で透明人間になったマッタリロを誘拐して透明薬を奪取しようとした。
相当高い地位の幹部でも知らない事だが、実は魔界の存在が地上を支配するために作り上げた組織で、シュゲルグも悪魔であった（アニメ劇場版『スターダスト計画』では人間で、国際ダイヤモンド輸出機構のボスになり、その上に悪魔達が君臨しているという設定に。なおアニメ版の役名表記によると「彼ら」は大魔神とされている）。歴史上の征服者と呼ばれる人々に接近し、影から操っていた。アスタロトやベールゼブブが話題にしていない事から、彼らとは異なる魔王（もしくは邪神）が関係していると思われる。
「霧のロンドンエアポート」での作戦が失敗した後、活動を休止した。
KGB
現実のKGBについては、KGBを参照。
作中では「カー・ゲー・ベー」と呼ばれていた。実在したソビエト連邦のKGBとほぼ同じ組織である。パタリロの知人がMI6やCIAに所属しているので悪の組織のように扱われたが、実際は『同じ穴の狢』でしかない。
KGBが悪の組織のように扱われるのは『パタリロ』に限った事ではなく、冷戦時代に資本主義圏で描かれたスパイ小説やアクション小説では普通に行われていた。逆に共産圏ではCIAやMI6が悪役となる。
ただし、日本のフィクションではCIAが悪役に描かれることもままあり、本作でもCIAが2度ほどマリネラに浸透作戦を実行し看破されている。史実通り、ソビエトの崩壊と共に解体された。
ピョートル大帝
個人名のようだが、実際は複数の悪人によって運営される犯罪組織である。
様々な悪事に手を染めているが、実態は不明。バンコランが偶然発見した組織で、様々な国家や情報機関に配下を潜り込ませている。存在を知ったバンコランやパタリロに陰惨な報復を行うなど、非常に悪意に満ちた組織であった。
メンバーの一人はダイヤモンド取引でマリネラ=パタリロの反抗に遭っていた中央販売機関CSA（『タマネギ!』、『旅立てジャック』に登場）トップだった人物。組織を潰された復讐心からパタリロの師・ブラント博士父娘を脅迫してアフロ18を殺害、遺されたプラズマ一家をも苦しめた。男子校の経営者でもあったがランダムが起こした事故で絶命する。
あまりにも悪辣な性質が作風に合わなかったためか、ごく短期間しか登場しなかった。
一時期刊行されたよりぬき本で、話の展開上、とてつもなく大きな存在になりそうで、編集者と相談の上、存在自体をなかったことにした、と作者自身が述べている。
キーンの組織
バンコランの叔父、キーンが作った組織。ダイヤモンドの違法取引などでマリネラのダイヤモンド産業を圧迫していた。
「白紙のゴドー」と名乗っていたマキャベリ・ド・ラーケンに脱税などの不正経理を暴かれた挙句、本拠地がパタリロ、バンコラン、マライヒの総攻撃を受けて崩壊、完全に壊滅した。
なお、キーンとの対決を描いた話はコミック3冊分の長さになり、パタリロで連載された長編ストーリーでは最も長い（ベールゼブブとの対決の話の方が長いが、連作短編という形態を取っている）。
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